本学科以发酵工程为主要依托，是我国最早设立的培养生物工程高级专业技术人员的基地之一；学科旨在以新一代工业生物技术为基础，大力发展基于系统生物学和合成生物学的微生物细胞代谢改造与应用；开展生物催化剂的发展、理性设计和定向改造与应用研究；以传统优势的食品发酵与过程工程为特色，加大与系统生物学、过程组学等学科交叉和协同创新。

学院重点围绕发酵工程和糖生物工程领域，开展学科前沿与共性关键技术研究与应用，近5年承担了国家级项目200余项，部省级、企业课题800多项；总科研经费超过10亿元，其中纵向经费与横向经费比例为1:1；获国家专利金奖1项、银奖2项，申请国家发明专利1900余项，获授权专利1500余项，其中获授权国际专利100余项；发表sci收录论文1600余篇，其中在Nat Chem Biol、Nat Commun、Sci Adv、Proc Natl Acad SciUSA、J Am Chem Soc等本领域权威期刊上发表论文共100余篇；出版包括国家规划教材和学术专著60多部，其中英文专著12部；荣获国家、省部级和行业协会奖励60余项，历年荣获国家科技进步、国家技术发明奖10项。（2022年3月）